El objetivo principal del Proyecto Mono Tocón es la Conservación de la Biodiversidad del Perú, centrándose en la protección del Tocón de San Martín (Callicebus oenanthe) y de su hábitat.

Para ello, Proyecto Mono Tocón se plantea los siguientes objetivos específicos:

• Crear áreas de protección para la especie.
• Apoyar la gestión de áreas existentes con presencia de C. oenanthe.
• Promover la implementación de leyes que favorezcan la Conservación de la Naturaleza.
• Extender la investigación sobre la especie a otras áreas.
• Consolidar un sistema de Educación Ambiental en la Región San Martín.